Museoa 1924an ireki zen, Dagourette etxean. Hau Baionako merkatari baten etxe ohia da. Eraikin hori 17. mendean eraiki zen, Errobi bazterrean, eta hiriko eraikin zaharrenetarik da. Portuko merkataritzari eta burgesiari lotu etxebizitzen adibide bakanetarik da. 1991n, monumentu historiko gisa sailkatu zuten. Ederki zaharberritua izan da eta, 2001az geroz, osoki berritua izan den museografia bat eskaintzen du, hiru estaitan barna. Etnografia saila portuko biltegietan sartu da; arte et historia saila etxeko estaietan dago.
20 gela tematikotan banatu bisita ibilbidea argialdearen inguruan antolatzen da. Argialdea kanpoko argia sartzera uzten duen muntadura handia da. Museoan, agerian eman 2 000 objektu eta margolan inguruk euskal kulturaren alderdi desberdinak irudikatzen dituzte: kanpainako eta etxeko bizia, ehorzketa errituak, eskulangintza, itsasoko eta ibaiko jarduerak, bestak eta jokoak, eskualdeko historia… Gela batean, Baionako portua 1805ean erakusten duen planoa bada, erliebean egina. Hiri historikoaren ezagutzeko gakoak eskaintzen ditu. Preseski, museoko azken estaiko leihoetatik hiriko alde zaharreko teilatuak ageri dira.
1897: Euskal Ohiduraren Kongresua izan zen, Donibane Lohizunen. Han, lehen aldikotz, bilduma baten biltzea eta Euskal Herrian museo bat irekitzea aipatu zen.
1922ko maiatza: Baionako Herriko Kontseiluak Société des Sciences, Lettres, Arts et Études Régionales de Bayonne elkarteari eskatu zion Baionako Euskal Museoaren sortzea, antolatzea eta kudeatzea, Dagourette etxean, Baiona ttipian.
1924: Museoa publikoari ireki zitzaion.
1954: Frantziako Museoen Zuzendaritzak Museoa kontrolatu zuen. Haren kudeaketa osoa Baionako Herriaren esku gelditu zen.
1965: Euskal museoaren adiskideen elkartea sortu zen. "Bulletin du musée basque" aldizkaria sei hilabetean behin argitaratzen hasi zen.
1988: Argitu euskal museoaren hezkuntza zerbitzua sortu zen, Bordeleko errektoretzarekin partaidetzan.
1989ko ekaina: Museoa hetsi zen, segurtasun arrazoiengatik.
1991ko otsaila: Dagourette etxea Monumentu Historiko gisa sailkatu zuten.
1991-1992: Monumentu Historikoen zerbitzuak Dagourette etxean lehen aldikotz esku hartu zuen, Kortsarioen kaira ematen duen fatxadaren berritzeko.
1992-1993: 1992ko abenduan, Baionako Hiriak arkitekto museografoen hautatzeko konkurtsoa abiatu zuen. 1993ko uztailean, Bernard Althabegoïty eta Zette Cazalas hautatu zituzten.
1994: Gaztelu Berriko bi hegalen antolatzeko obrak egin ziren.
1997ko ekaina: Gaztelu Berriko obrak bururatu ziren eta bildumak hara eramaten hasi ziren.
1998ko ekaina: Gaztelu Berriko aldi bateko erakusketa gelak ireki ziren.
2001eko ekaina: Baionako Euskal Museoa berriz ireki zen, Dagourette etxean.
2007: Museoaren kudeaketa sindikatu misto bati eman zitzaion. Sindikatu misto horrek Pirinio Atlantikoetako Kontseilu nagusia (orain Departamendu Kontseilua), CABAB egitura (orain Euskal Hirigune Elkargoa) eta Baionako Hiria biltzen ditu. Baionako Hiria eraikinen eta bildumen jabe da eta tutoretza administratiboa segurtatzen du.
2008: Museoko publikoen zerbitzua plantan ezarri zen. Argitu hezkuntza zerbitzua horien barne da. Bordeleko errektoretzarekiko partaidetzak aitzina segitu zuen, beste molde batez.
2011: À la découverte des lieux de culture : comprendre un musée (Kultura lekuen ezagutzeko: museo baten ulertzea) programa akademikoa abiatu zen.
