Le musée a ouvert ses portes en 1924 dans la Maison Dagourette, l’ancienne demeure d’un négociant bayonnais. Construit au début du 17e s. en bord de Nive, cet édifice est l’un des plus anciens de la ville et constitue un rare témoignage du type d’habitat portuaire lié au négoce et à la bourgeoisie. Classé monument historique en 1991, il a fait l’objet d’une belle restauration, accueillant depuis 2001, une muséographie entièrement renouvelée sur trois niveaux. La section ethnographique prend place dans les entrepôts portuaires ; la section art et histoire occupe les étages de la maison. 

Un parcours de visites, décliné en 20 salles thématiques s’organise autour de l’argialde, vaste puits de lumière. Près de 2 000 objets et peintures mis en scène, illustrent les différents aspects de la culture basque : vie rurale et vie domestique, rites funéraires, artisanat, activités maritimes et fluviales, fêtes et jeux, histoire régionale… La salle du plan relief du port de Bayonne en 1805, offre des clefs de lecture pour une découverte de la ville historique dont les toits se profilent derrière les fenêtres, au dernier étage du musée.