Un musée aujourd’hui ne peut plus se contenter de gérer l’existant. Il doit s’interroger sur sa vocation, l’évolution de ses collections et de ses publics, son rôle dans la cité, sa place sur la scène locale, nationale ou internationale. 

Le projet scientifique du Musée Basque et de l'histoire de Bayonne a été rédigé et est en attente de validation par la DRAC Nouvelle Aquitaine.