Un musée quel qu'il soit est un établissement autonome qui doit rassembler toute la documentation relative à sa fonction.
[D]ans le cas des Musées d'Arts et Traditions Populaires, la documentation concernant la région présentée se doit d'être la plus complète possible, c'est pourquoi depuis son origine, le Musée Basque conserve et enrichit sa documentation d'ouvrages, revues, encyclopédies, journaux, manuscrits, archives se rapportant au pays et à la culture basques.
[C]omposé de 1500 ouvrages en 1962, les dons exceptionnels et la politique d'achat systématique poursuivie ont permis de développer considérablement le fonds documentaire du Musée Basque qui compte aujourd'hui quelques 30 000 ouvrages parmi lesquels le document le plus ancien date de 1571
[A]u Château Neuf, une salle de lecture est ouverte aux chercheurs, étudiants, érudits ou amateurs d'histoire et d'ethnologie, les mardi et jeudi de 10h à 12h et de 14h à 17h.
La photothèque
[D]epuis sa création le service conserve et enrichit un fonds documentaire qui témoigne des modes de vie et de culture en Pays Basque, présentés sur différents supports : photographies noir et blanc ou couleur diapositives plaques de verre cartes postales films 16 mm vidéocassettes bandes magnétiques disques cassettes audio
[O]nze ans après sa création, le Musée Basque disposait de 5.200 photographies en noir et blanc et 630 diapositives. Aujourd'hui, leur nombre était passé à 10.000 photographies et 5.000 diapositives noir et blanc ou couleur.
[P]our des raisons de conservation, la consultation du fonds n'est pas ouverte au public. Néanmoins, il est régulièrement présenté au travers des expositions temporaires organisées par le Musée.